На 22 септември 1872 г. Димитър Общи организира обир на турската поща в Арабаконак. Левски е против, но е подкрепен единствено от поп Кръстю Никифоров. Залавянето на участниците нанася тежък удар на революционната организация. Левски получава нареждане от БРЦК и Каравелов за вдигане на въстание, но отказва да го изпълни и решава да прибере архивите на ВРО от Ловеч и да се прехвърли в Румъния. Той знае за провала при обира в Арабаконак, но не знае, че турската полиция разполага с негова фотография и с точно описание на особените му белези, както и с информация, къде евентуално може да бъде открит. Васил Левски не е предаден от един човек, а е жертва на дълга верига от полицейски разкрития.
На 27 декември 1872 г. бива заловен от турската полиция до Къкринското ханче (източно от Ловеч). При залавянето му архивът, е останал незабелязан от хайката. Същият архив с комитетски книжа е запазен и по-късно предаден на Захари Стоянов. Липсващите парични средства са намерени през 1972 г. в темелите на къщата на Марин Поплуканов. Предполага се, че причината за неговото залавяне е предателство от съмишленик. Спори се за името на предателя — Поп Кръстю (съучредителя на комитета в Ловеч) или Марин Поплуканов (председателя на комитета). През 1925 историкът Димитър Страшимиров публикува обширен труд, в който представя доказателства, че именно поп Кръстю става доносник на турските власти и дава сведения за местоположението на Левски. Според други проучвания предателство спрямо Левски не е имало.[5] До последно османците не знаят кого са заловили и Левски е откаран в Търново, за да бъде разпознат. Чак там става ясно кой е той. При Къкрина отиват едва няколко заптиета, а в случай, че са знаели кого залавят, подобна малочисленост не би била логична. Също така се доказа, че поп Кръстю не е имал точна информация за плановете на Левски. Левски, който е охраняван само от 20 заптии по време на пътя си от Търново до София, се е надявал напразно до последно, че ще бъде освободен от съмишленици.
Впоследствие Левски е отведен в София, където е предаден на съд. Апостола изгражда защитата си на основите на правата на християните според Хатихумаюна, за да не издаде някого и организацията. Той подчертал няколко пъти, че е търсил законни пътища за изменение на живота в Империята. Левски се разграничава от дейността на Димитър Общи, за да избегне криминални обвинения. Очаквало се Великото везирство да освободи всички освен обирачите на пощата, защото политически процес не е в интерес на Турция и вреди на авторитета ѝ пред Европа. Комисията за процеса е: Али Саид паша, Шакир бей и Иванчо Хаджипенчович. В инструкциите към съдиите е записано да се накажат строго само ръководителите. В състава на съда са включени и българите: х. Мано Стоянов и Пешо Тодоров като представители на българската община в града. Включени са още мюсюлмани и евреи. Смъртната присъда е издадена на 14 и е потвърдена на 21 януари 1873 г. Процесът завършва, а комисията е иззела функциите на съд, което е недопустимо по законите на самата империя. 60 подсъдими са осъдени на затвор и заточение и двама са обесени — Димитър Общи и Васил Левски. Присъдите са потвърдени от султана по целесъобразност. За да не се навреди на турската дипломация, не са извършвани по-мащабни разследвания и гонения.
На 18 февруари (6 февруари по стар стил) 1873 г. присъдата е изпълнена в околностите на София. Мястото на обесването на Васил Левски се намира в центъра на днешна София, където е издигнат негов паметник.
В последните си мигове се изповядва пред архиерейския наместник на София – отец Тодор Митов. В изповедта си казва: “Каквото съм правил, в полза народу е” и помолил прошка от него и от Бога, а в молитвите си да бъде споменаван като йеродякон Игнатий, а също и българският народ.
Свещеникът поп Христо Стоилов разказва за последните мигове на апостола: “Дяконът се държа юнашки. Каза, че наистина той е първият, но че след него са хиляди. Палачът му наметна въжето и ритна столчето. Аз се просълзих и се обърнах към “Св. София”, за да не видят турците, че плача, и си тръгнах.”
Михаил К. Буботинов също дава описание: “На 1873 лето, 5 февруарий, вторник, пазарен ден в София – 2 часа преди зори, в двора на пашовия конак — на мястото на днешния княжески дворец, стана необикновено разшавание на пашовските сеймени. По заповед на Мазхар паша, тогава Средецкий губернатор, се изпрати един мулезимин да обади на иконом поп Тодор Митов, да се приготви… Иконом поп Тодор се приготви за половин час… И ето, че се зададе губернатора на каляска със свитата си, състоящата се от десетина души. Веднага след тях биде приведен на средата на мегдана, току-що извадений из тъмницата Васил Левски, конвоиран от един взвод заптии и 4 взвода аскер, облечен в костюма си, както е бил хванат от властите при ханчето, с тежки окови на нозете, но без присъдний иллям на гърдите. Мазхар паша, обърнат към свещеника, заповяда му да се приближи при Левски и свободно да извърши верозаконните потреби. Щом се приближи свещеника при Левски, пашата се оттегли на 7-8 разкрача и същевременно даде знак да направят същото и хората от свитата му. …
Що за себе е изповядал в случая Левски, не е могло да бъде предадено от свещеника-изповедник. Обаче в общи думи: отец Тодор ми е приказвал, че Левски стоял бодър и в присъствие духа казал: “В младините си бях иеродякон Игнатий, напуснах службата в съзнание, че бях повикан да изпълнявам друга, по-належаща, по-висока и по-свещена служба към поробеното отечество, която … дано!” Тук Левски се просълзил и помолил свещеника да се помоли Богу за иеродякон Игнатий … “levski1837-1873.com
